Syphon Filter: Logan's Shadow é um jogo de tiro em terceira pessoa para o PlayStation 2 baseado na espionagem e ação. Embora implemente novos movimentos e comandos — conseqüentemente novas possibilidades —, o título mantém a fórmula ambiciosa e bem sucedida de seu antecessor, que é qualificado com um dos melhores jogos de ação.

Você joga na pele de Gabe Logan, o protagonista do jogo, que é enviado a um navio ancorado para recuperar um pacote contendo uma tecnologia. Ao chegar no navio, entretanto, Logan se dá conta que a tecnologia foi roubada e sua parceira de longa data desapareceu. Devido aos fatos, a agência para qual o agente trabalha é fechada, cabendo a Logan procurar seu parceiro e a tecnologia roubada por conta própria.

Entre as novidades implementadas em Logan's Shadow está a possibilidade de atirar sob cobertura, embora o completamente às cegas. Além disso, Logan agora pode combater seus inimigos debaixo d'água, visto que porta um arpão e uma arma própria para combates submersos. Novos ataques corpo-a-corpo também foram adicionados, possibilitando que o jogador use seus inimigos como escudos humanos e quebre seus pescoços silenciosamente.

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